לפי הפרסומים האחרונים, המנהל הזמני של רשות המסים, יוסי בכר, תומך בפיצול רשות המסים לשני אגפים, למס הכנסה ולמע"מ, כפי שהיה ערב האיחוד. איחוד האגפים בוצע ב-2004, בתקופת בנימין נתניהו כשר האוצר. נתניהו העמיד בראש הרשות את איתן רוב, שהיה מנהל אגף המכס ומע"מ. מאז לא מומש האיחוד למעשה, אלא בא לידי ביטוי רק בצמרת הרשות, עם סמנכ"לים שאחראים הן לנושאי מס הכנסה והן לנושאי מכס. בעקבות מעצר בכירי רשות המסים, פתחו ועד עובדי מס הכנסה וועד עובדי מע"מ בהליך מואץ לביטול האיחוד. ראשי הוועדים - יו"ר ועד עובדי מס הכנסה, טלחום פרידלוב, ויו"ר ועד עובדי המכס והמע"מ, אבי אדרי - נפגשו עם בכר, ודנו על הסיבות, לדעתם, לביטול האיחוד. יש לציין, כי בסופו של דבר הממשלה היא שצריכה לאשר או לדחות את החלטה על הפיצול.
