♦ פקודת מס הכנסה מתייחסת לבני זוג כיחידה אחת ולפיכך הכלל קובע, כי יחול חישוב מס מאוחד לשני בני זוג, משמע, בדרך כלל יצטרפו הכנסות בן/ת הזוג להכנסות בן/ת הזוג הרשום/ה ויראו את כלל הכנסותיהם כאילו הופקו על ידי בן הזוג הרשום, אשר כוללות גם הכנסות של ילדו שטרם מלאו לו 18 שנים, אלא אם מקור ההכנסה בנכס שהתקבל בירושה, או, בנכס שהיה בבעלותו שנה לפני נישואיו, או שמקורו בפיצויים, או, בכספי ביטוח שהתקבלו בשל פגיעות גוף שלגביהם יערך חישוב מס נפרד. החריג לכלל קובע, כי תינתן זכות לחישוב מס נפרד לכל אחד מבני הזוג לגבי הכנסה מעסק, משלח יד או מעבודה, וכן לגבי הכנסה מיגיעה אישית, דוגמת קצבאות המשולמות מהמעסיק מקופות גמל, וקצבה חייבת במס המשתלמת מאת המוסד לביטוח הלאומי. התרת חישוב מס נפרד לכל אחד מבני הזוג תאפשר ניצול מדרגות מס נמוכות חלף הוספת הכנסת הבן הזוג השני למדרגת המס הגבוהה אצל בן הזוג הראשון (48%). על אף החריג לכלל המאפשר לבצע חישוב מס נפרד לגבי ההכנסות כאמור נקבע "חריג לחריג", סעיף אנטי תכנוני, לפיו לא יתאפשר ביצוע חישוב נפרד לגבי הכנסות כל אחד מבני הזוג מעסק, ממשלח יד ומעבודה, במקרה בו הכנסת בן הזוג באה ממקור הכנסה שהוא תלוי במקור ההכנסה של בן הזוג השני. ויראו תלות בין הכנסותיהם של בני הזוג בכל אחד מהמקרים בהם הכנסת בן הזוג באה מעסק או ממשלח יד של בן הזוג השני או כאשר אחד מבני הזוג מחזיק בזכויות בשיעור 10% לפחות בשותפות או בחברה והכל בתנאים מסוימים.
♦ בהתאם להוראות שהופעלו כבר בשנת 2004, נקבע חריג לחריג לחריג לפיו בתנאים מסוימים, מתאפשר חישוב מס נפרד לגבי סכום אשר קובע שר האוצר בתקנות באישור ועדת הכספים של הכנסת. בהתאם להוראות, על אף שהכנסת בני הזוג נובעת מאותו מקור וחלה לכאורה חזקת התלות בין שני מקורות ההכנסה ומחויב חישוב מס מאוחד, כאמור, רשאים בני הזוג לתבוע, כי ייעשה חישוב מס נפרד להכנסה בסכום התקרה, אם מתקיימים התנאים הבאים: כל אחד מבני הזוג עבד במקום העיסוק הקבוע 36 שעות בשבוע לפחות, עשרה חודשים או יותר בשנת המס, לבני הזוג אין הכנסה נוספת מעסק משלח יד או עבודה, למעט הכנסה כאמור שקבע שר האוצר באישור וועדת הכספים של הכנסת (טרם הותקנה תקנה כאמור), נמסרה הודעה על התביעה לחישוב נפרד חודש לפני תחילת שנת המס בעדה נתבע החישוב הנפרד.
♦ בשנת 2012 הסכום לגביו יתאפשר חישוב מס נפרד הינו 48,960 ש"ח. הסכום הנ"ל לא מהווה הקלת מיסוי משמעותית לבני זוג בעלי שליטה, העובדים יחד, והינו פחות משכר המינימום בישראל. הסכום שנקבע, כבר בעת התקנת התקנה, הינו סכום לא מהותי, אשר אינו מגיע לכדי תקרת מדרגת המס הראשונה ואינו מהווה הקלת מיסוי משמעותית לבני זוג בעלי שליטה העובדים יחד, ומהווה תמריץ חברתי שלילי לעיסוק משותף של שני בני זוג.
♦ בשנת 2002 ניתנה פסיקה תקדימית בענין קלס אשר קבעה כי בני זוג אשר הועסקו יחדיו כשכירים בחברת נסיעות יזכו לבצע חישוב נפרד על אף שכל אחד מהם היה בעל שליטה בחברה והעובדה ששניהם החזיקו יחד כמעט 50% משהוכחה אי התלות של הכנסות האחד בהכנסות האחר. משמע, בית המשפט העליון קבע כי משניתן להוכיח כי אין תלות במקורות ההכנסה של בני הזוג יתאפשר חישוב מס נפרד לכל אחד מבני הזוג.
♦ לאחר מתן פסק הדין, נכתבו נהרות של מילים, עובדות ופרשנויות לפיהן חזקת התלות בין מקורות ההכנסה הינה חזקה שניתנת לסתירה בכל עת בה בן הזוג היה מעסיק עובדת באותם כישורים ובאותו שכר גם לולא היתה אשתו. בשנת 2012 נפסק בבית המשפט העליון בהרכב של שלושה שופטים, בעניין מלכיאלי, כי חזקת התלות היא חזקה חלוטה שאינה ניתנת לסתירה. זאת במקביל לקריאת בית המשפט למחוקק לבחון את לשון הסעיף. לאמור, מעת מתן פסק הדין, למעשה בני הזוג אינם יכולים לסתור את טענת התלות בין מקורות ההכנסה שלהם בכל עת בה הם עובדים בעסק משותף, בבעלות אחד מהם, אף אם אין להם כוונה לעשות תכנון מס לא ראוי. בעקבות פסק הדין רשות המיסים הפיקה שומות בהן חישוב מס מאוחד לבני זוג, בהן הצטרפה בדרך כלל הכנסת האישה להכנסת בעלה, רטרואקטיבית לשנים עברו, ובני הזוג נאלצו לשלם סכומי מס גבוהים. יו"ר וועדת הכספים, מר משה גפני, טען בפני הוועדה בדיון שנערך לגבי חישוב המס המאוחד בין בני זוג, כי עולה אצלו חשד, שיש חסר תקציבי בהכנסות המדינה ורשות המסים רוצה לגבות כסף מן הגורן ומן היקב.
♦ כך, לדוגמה, שני בני זוג נשואים המשתכרים כמיליון ש"ח, כל אחד, לשם הפשטות כחצי מיליון ש"ח, כאשר שניהם עובדים במפעל אשר אינו בבעלותם ישלמו מס שולי בשיעור 33% וישלמו כ- 250,000 ש"ח מס הכנסה. כאשר שניהם עובדים במפעל בבעלותם ישלמו מס שולי בשיעור 48% וישלמו כ- 360,000 ש"ח מס הכנסה, המדובר בפער של כ- 13% והמדובר במס הכנסה בלבד, כשמצרפים לכך את השפעת החישוב לעניין ביטוח לאומי יכול הפער אף לגדול. כאשר הבעל מרוויח מעל כחצי מיליון ש"ח ומשלם לאשתו שכר עבודה בסך 120,000 ש"ח, כאשר יש להם שלושה ילדים לא היתה האישה משלמת מס כלל לו עבדה במקום שאינו של בעלה, ואילו בעקבות צירוף הכנסתה להכנסת בן זוגה יחול מס בסך של כ- 58,000 ש"ח על הכנסה זו.