♦ביום 3.6.2002 הוציאה נציבות מס הכנסה (כשמה דאז) את הוראות הביצוע 13/2002, שעסקה ביישום הוראות חוק התיאומים בתקופה של ירידת מדד (כפועל יוצא מירידה במדד המחירים לצרכן, בחלק משנת המס 2001). בהוראת הביצוע, מיום 3.6.2002, נקבע שעמדתה של הנציבות הינה כי בדברו על "שיעור עליית המדד" התכוון המחוקק לעלייה בלבד, ולא לירידה, ועל כן בכל מקרה בו שיעור עליית המדד הוא סכום שלילי, יראו לעניין יישום החוק כאילו המדד עלה בשיעור אפס. הנושא שב ועלה על סדר היום עם תום שנת המס 2003, שבה שיעור השינוי השנתי במדד המחירים לצרכן היה שלילי (כ-1.9%). אשר על כן פנה שר האוצר דאז לוועדת הכספים של הכנסת, וביקש לתת תוקף לצו מס הכנסה (תיאומים בשל אינפלציה) (התליית תחילת סעיפים שונים), התשס,ד-2004.בצו האמור, הציע שר האוצר להתלות את תוקפן של מספר הוראות, שנכללות בחוק מס הכנסה (תיאומים בשל אינפלציה), התשמ"ה-1985 (להלן: "חוק התיאומים"), בתקופה שתחילתה בראשית שנת המס 2003 וסיומה באחריתה (ולחילופין בסוף שנת 2004, אם שיעור עליית המדד השנתי באותה שנה לא יעלה על 3%). כמו כן, נכללו בצו המוצע האמור מספר הוראות טכניות שנועדו לעקר את שיעור השינוי במדד המחירים לצרכן בתקופת ההקפאה, לאחר שחוק התיאומים יופעל מחדש.
♦לאור תגובתם הצוננת (וזאת בלשון המעטה) של חברי ועדת המשנה למסים של ועדת הכספים, שקיבלו גיבוי מקצועי מנציגי לשכת רו"ח בישראל, ניסתה נציבת מס הכנסה דאז, טלי ירון-אלדר, להציע צו בנוסח משופר - לפיו היו אמורים הנישומים "מעוטי ההון" לקבל מאוצר המדינה מעין הלוואה רעיונית, כל עוד לא תיחסך מהם (בעתיד) תוספת בשל אינפלציה בסכום מקביל - אך חברי הכנסת ראה בהצעה זו (בצדק) משום מהלך מסורבל ומיותר, והביאו לכך שביום 25.2.2004 בחר משרד האוצר למשוך בחזרה את פנייתו, מיום 27.1.2004.
♦נציבות מס הכנסה הפנימה את הלקח, וביום 25.3.2004 הוציאה את הוראת הביצוע 11/2004 (יישום הוראות חוק התיאומים בשנת המס 2003), העומדת לכאורה בסתירה להוראות הביצוע הקודמת, מיום 3.6.2002.
♦בהוראת הביצוע, מיום 25.3.2004, נקבע כי ככלל הוחלט באגף מס הכנסה כי יש ליישם את הוראות החוק באופן שייתן ביטוי להוראות החוק השונות גם בתקופות בהן שיעור עליית המדד הוא שלילי, זאת לנוכח פרשנות אפשרית למונח "שיעור עליית המדד", לפיה המדובר בנוסחה מתמטית שניתן לחלץ ממנה גם תוצאות שליליות. עם זאת (כך נכתב בהוראת הביצוע), לנוכח פרשנות אפשרית אחרת, קיימים מקרים בהם יש לסטות מהכלל, וזאת "לנוכח הדבק הדברים והתכלית הרצויה" (הציטוט הינו נאמן למקור; נ.ה.)
המסרים המעורפלים, ששיגרה נציבות מס הכנסה, הותירו מקום לפרשנויות יצירתיות שונות. היו שגרסו, למשל, כי שחיקת התחייבויות צמודות למדד (או למטבע חוץ) אינה מהווה הכנסה חייבת במס בשנת המס, גם כאשר מדובר בהתחייבויות שנכללו בדוחות הכספיים של העסק. אחרים גרסו (בעיקר מפקחי המס), כי שחיקת הפיקדונות הצמודים - של העסק - אינה ניתנת לניכוי, לצרכי מס, כלל ועיקר.
♦על רקע זה, ניסתה חברת טבע תעשיות פרמצבטיות בע"מ (להלן: "טבע") לקבל מפקיד השומה החזרי מס משופרים שהגיעו לה, בגין שנת המס 2002 ובגין שנת המס 2005, וטענה שיש להתעלם משינויים שליליים, שחלו במדד המחירים לצרכן, בתקופה הרלוונטית לחישוב הפרשי ההצמדה והריבית (החזרי המס בוצעו ביום 1.3.2004 וביות 10.2.2008).
♦לטענת טבע (התובעת), על פי החישובים שערכה, הפחיתה רשות המסים בישראל (הנתבעת) סכום של כ-7 מיליון ש"ח מהחזרי המס שקיבלה טבע כאמור (במהלך בירור התביעה הסכימה התובעת כי נפלה טעות בחישוביה, וסכום ההפחתה הינו כ-6 מיליון ש"ח "בלבד"), בשל השינויים השליליים במדד המחירים לצרכן.
♦טבע טענה, בכתב התביעה, כי פרשנותה של רשות המסים לסוגיית הפרשי ההצמדה השליליים אינה עקבית, וכי בהקשרים שונים העמידה רשות המסים את הפרשי ההצמדה על אפס, כשחל שינוי שלילי במדד. לדברי טבע, אין להסכים עם פרשנות (סלקטיבית) מעין זו, ויש להחיל גם על החזרי המס את הפרשנות שנקבעה על ידי רשות המסים, בהקשרים אחרים.
♦הנתבעת השיבה, כי טענות טבע בטעות יסודן וכפרה בכך שנהגה בפרשנות סלקטיבית, בכל הנוגע להפרשי ההצמדה השליליים, אשר השפיעו על הסכום הכולל של החזרי המס שקיבלה "טבע" מפקיד השומה ירושלים 1.
בפסק הדין, אשר ניתן בבית המשפט המחוזי בירושלים ביום 23.12.2012 (ת"א 5664-02-11), על ידי השופט רם וינוגרד, דחה בית המשפט את התביעה, אחרי שקבע כי מהראיות שהובאו בפניו עולה שהנתבעת נהגה בפועל בשיטה אחידה, לפיה הובאו המדדים השליליים בחשבון בכל ההקשרים, אף כאשר הפעלתם הביאה ליתרות זכות לנישומים שלכאורה חבו כספים לרשות המסים בישראל.
♦למרות שאיננו שותפים בהכרח לקביעה, לפיה נהגה (כביכול) רשות המסים בישראל בפרשנות עקבית בסוגיית הפרשי ההצמדה השליליים, הרי שבסופו של יום איננו חולקים על פסק הדין, אשר בלם זעזועים טקטוניים שהיו עלולים להגיע גם למחוזות אחרים.